Վարչատնտեսական բաժանմունքը հանդիսանում է Ս. Վ. Մալայանի անվան ակնաբուժական կենտրոնի կառավարման համակարգի առանցքային օղակներից մեկը, որի գործունեությունն ուղղված է ֆինանսատնտեսական միջոցների արդյունավետ կառավարմանը, նյութատեխնիկական ապահովմանը, ինչպես նաև վարչական գործընթացների համակարգմանը։
Բաժանմունքն իրականացնում է բյուջետավորման, ֆինանսական հաշվետվությունների կազմման, գնումների պլանավորման և կազմակերպման, ինչպես նաև ներքին տնտեսական վերլուծության գործառույթներ՝ նպաստելով կայուն և արդյունավետ կառավարմանը։ Հիմնվելով վերլուծական մտածողության, հաշվետվողականության և մասնագիտական բարձր պատասխանատվության վրա՝ վարչատնտեսական բաժանմունքն իրականացնում է՝ օրենքով իրեն վերապահված, ՀՀ պետական կառավարման մարմիններին, մասնավորապես՝ ՀՀ Առողջապահության նախարարությանը, ՀՀ ֆինանսների նախարարությանը և ՀՀ Պետական եկամուտների կոմիտեին ներկայացվող ֆինանսական հաշվետվությունների և վերլուծությունների վերաբերյալ գործառույթներ։